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在治疗领域中，内窥镜技术也得到了很大发展，如经内窥镜胃肠道息肉切除术、胃肠道出血的止血、总胆管结石的排出等，都已广泛应用，使很多病人免除了外科手术的痛苦。
消化系统内窥镜的临床应用虽然已经有 100多年的历史，但真正成为有效的诊疗工具是在光学纤维内窥镜开发以后。1960年代以来，随着纤维内窥镜的不断完善，其应用日益广泛，几乎可以检查消化系统的所有管腔器官，并具有安全方便、痛苦少、确诊率高、并发症少等优点，但受过严格训练的医生仍是内窥镜检查安全、准确的可靠保证。对有严重心肺功能障碍、疑有消化道穿孔、精神不正常不能合作者等，仍属检查禁忌。
目前，临床应用的消化系统内窥镜可分四类：
镜身由金属或硬塑料做成，不能弯曲，可以直接观察，如腹腔镜、乙状结肠镜、肛门镜等。
在纤维胃镜先端安装微型照相机，直接对胃粘膜进行拍摄，同时可以进行肉眼观察，并进行活检。
其成像系统由直径 9～15□m（相当于人发直径的1/6）的玻璃纤维 2～3万根整齐规则排列成束后构成，所成图像清晰，镜身细软，弯曲度大，操作灵活，病人痛苦少，是目前应用最广泛的内窥镜。
1983年首先在美国研制成功，它摆脱了纤维光导传像的系统，在内窥镜先端装配一种微型电子影像感受器（称CCD装置）,在光照下，可将影像转变成电子讯号，通过电缆传到外部影像处理器，再将该电子讯号还原成影像,在监示器荧光屏上显示出来。该CCD装置可把所照影像析成由5～10万个小画面点构成,其数目大大超过纤维光学内窥镜的3万个画面点数,因此所成影像更加清晰、细腻，很少失真，并可做放大观察。由于用电缆代替了玻璃纤维，因而克服了玻璃纤维易折损、老化等缺点，使内窥镜更加牢固耐用；产生的画面颜色更接近实物颜色，画面质量也大大超过纤维光学内窥镜的画面质量，因此，在临床应用方面将有广阔前景。
食管、胃、十二指肠镜 对上消化道进行检查的纤维内窥镜，目前应用最为广泛。根据内窥镜先端物镜的方向，又可分为直视型(前视型)、斜视型及侧视型三种类型。其中前视型内窥镜在镜身弯曲度明显改善后，可替代斜视型及侧视型，一次即可完成对食道、胃及十二指肠的检查，又称全视型。主要用来检查上消化道的炎症、溃疡、肿瘤、血管畸形以及憩室等疾患。由于内窥镜细软，操作灵活，某些严重的疾患如急性上消化道出血、食道静脉曲张等也可安全地进行检查。为了发现无症状的早期上消化道肿瘤，特别是早期食管癌及早期胃癌，也可对群众进行纤维内窥镜防癌普查。因此，它的应用十分广泛,也可通过内窥镜对某些疾患进行治疗,如息肉切除术、止血术，向食管曲张静脉内注入硬化剂的硬化疗法，或通过内窥镜导入激光，对食管、胃的肿瘤进行照射治疗等。某些新型内窥镜的出现，如可以放大30倍的放大胃镜，使病变部位的观察达到实体显微镜水平，使肉眼形态学诊断水平得到进一步提高。内窥镜与超声技术结合，在内窥镜先端安装超声探头，构成超声内窥镜，除可进行一般内窥镜的检查外，还可在胃内对食道、胃、胰、胆等直接进行超声探测，由于它消除了腹壁外超声时胃肠道内气体的干扰，因而可以获得更加清晰的超声图像，尤其对食道、胃的粘膜下肿瘤、癌在管壁内的位置及浸润深度的探查以及上消化道癌肿的淋巴结转移情况的探测，均可获得准确的诊断；另外，对胰胆肿瘤的早期诊断，超声内窥镜也可起到一定作用。
进行上消化道内窥镜检查的禁忌症是相对的。一般认为，心肺功能衰竭、严重心律紊乱或心肌梗死，消化道穿孔或有穿孔可疑者，精神失常不能配合者，均不宜做内窥镜检查。
内窥镜逆行胰胆管造影（简称ERCP），是选用侧视型十二指肠镜在X射线监视下,于十二指肠乳头部插入一导管,然后注射造影剂,使胰管、胆管分别显影的一种方法,通过影像诊断胰腺及胆道的疾患,如各种炎症、结石、肿瘤、先天性畸形以及梗阻性黄疸的鉴别诊断等。在内镜治疗方面,可通过十二指肠镜进行乳头肌切开,取出胆总管内结石，也可对梗阻性黄疸患者进行内引流术，使黄疸减轻。ERCP及各项治疗措施有时可引起急性胰腺炎、胆道感染、十二指肠穿孔等并发症，因此，操作应在有经验的医师指导下进行。
纤维小肠镜 一种向前直视镜。镜长160～170cm，一般可进入空肠50cm。也有报道可自肛门经结肠向上检查全部小肠者。它适用于检查小肠炎症性疾患，如结核、克罗恩氏病、肿瘤、成人乳糜泻及某些原因不明的上消化道出血等。
纤维结肠镜 为前向直视型镜，根据长度分为乙状结肠镜、中结肠镜及全结肠镜，主要用来检查结肠的炎症、溃疡、息肉、肿瘤及血管畸形等。通过结肠镜进行息肉切除,已被广泛应用,也可开展止血等治疗措施。对有肠道穿孔或可疑穿孔者、肠道严重急性炎症或有中毒性肠麻痹者、急性腹膜炎患者、广泛肠粘连者、妊娠期妇女及有严重心肺疾患而不能耐受者，应视为纤维结肠镜检查的禁忌症。
纤维胆道镜 一种细径内窥镜，大多是在剖腹探查时经胆道切口插入到肝胆管内，观察有无结石、炎症或肿瘤，必要时可采取活体组织做病理检查，还可通过胆道镜将肝胆管内结石粉碎，以利排出。
腹腔镜 用于检查腹腔内脏器和腹膜病变的一种内窥镜。除消化系统外，还可用于妇科盆腔器官的检查。目前仍为硬式镜，用纤维光导做照明。检查时需先在腹壁做一小切口，插入套管，镜子通过套管进入腹腔。观察前需首先向腹腔内注入气体,一般为氧气,也可用笑气或过滤空气,使腹壁与脏器分离,以利观察。主要用于对肝脏病变的检查，也可对脾、胆囊、胃前壁、腹膜、网膜等器官的病变进行观察，如对各型肝炎、肝硬变、肝肿瘤、腹壁结核、肿瘤、腹部包块等疾患均能作出准确的诊断。但对腹腔深部病变、脏器内部、腹膜后脏器等均不能做到满意观察。腹腔镜与超声探头结合，可对深部脏器、脏器内部直接进行探测，效果满意。对腹壁有广泛粘连者、有出凝血机制障碍者、有严重腹部疝气者和有严重心肺功能障碍者，均不宜做腹腔镜检查。
